Mục tiêu tổng quát của Đề án nhằm đào tạo đội ngũ cán bộ quân sự Ban Chỉ huy quân sự (CHQS) cấp xã đạt trình độ cao đẳng, đại học (CĐ, ĐH), có bản lĩnh chính trị vững vàng; năng lực, trình độ chuyên môn tương đương sĩ quan dự bị cấp phân đội trở lên và trình độ lý luận chính trị, quản lý nhà nước từ trung cấp trở lên; có kiến thức, kỹ năng để hoàn thành tốt chức trách, nhiệm vụ; góp phần xây dựng đội ngũ công chức chuyên nghiệp có đủ năng lực xây dựng nền hành chính tiên tiến, hiện đại và nâng cao chất lượng hoạt động của hệ thống chính trị ở cơ sở.
Trong giai đoạn 2011-2015, Đề án phấn đấu có 35-50% Chỉ huy trưởng, Chỉ huy phó Ban CHQS cấp xã đạt trình độ CĐ, ĐH và tỷ lệ này tăng lên 70-80% vào giai đoạn 2016-2020.
Theo Đề án, cán bộ quân sự Ban CHQS cấp xã được đào tạo theo 3 hình thức là chính quy tập trung; liên thông, liên kết và vừa làm vừa học. Tùy vào hình thức đào tạo và văn bằng được cấp mà thời gian đào tạo sẽ từ 18 - 48 tháng.
Riêng đào tạo hình thức vừa làm vừa học chỉ áp dụng cho đào tạo liên thông; mỗi năm học tập trung từ 2-3 kỳ, mỗi kỳ ít nhất 2 tháng; thời gian hoàn thành chương trình theo hình thức vừa làm, vừa học phải dài hơn so với chương trình đó ở cùng trình độ hệ chính quy từ nửa năm đến 1 năm.
Việc đào tạo trình độ ĐH ngành Quân sự cơ sở sẽ được thực hiện tại Trường ĐH Trần Quốc Tuấn và Trường ĐH Nguyễn Huệ. 2 trường này cũng sẽ liên kết đào tạo trình độ CĐ tại Trường Quân sự Quân khu 1,2,3,4, Trường Quân sự Bộ Tư lệnh Thủ đô Hà Nội và Trường Quân sự Quân khu 5,7,9.
Việc tuyển sinh sẽ được thực hiện thông qua 3 hình thức: thi tuyển, cử tuyển và xét tuyển.